Στα 1760 περίπου ένας παπάς Οικονόμου και κατά κόσμον, όπως λένε οι κληρικοί, Ιωάννης Δημητρακέλλης, απ’ τη Λέσβο, εγκαταστάθηκε σ’ ένα ψαράδικο οικισμό με Έλληνες κατοίκους, στη μικρασιατική ακτή απέναντι στη Μυτιλήνη, στο βάθος ενός φυσικού λιμανιού, απ’ τα λίγα του είδους του, μέσα σε δάσος από άγριες ελιές και κυδωνιές. Εκεί ο Οικονόμου θεμελίωσε το Αϊβαλί, που ήταν επόμενο να ονομαστή Κυδωνίαι και στα τούρκικα Αϊβαλί (το κυδώνι στα τούρκικα λέγεται αϊβά).
    Σωστός κέρβερος ο παπα-Οικονόμος, δραστήριος και ακούραστος από κούνια, έπεσε στη δουλειά μαζί με τους ψαράδες του. Καλλιέργησε και μπόλιασε πολλά δέντρα και σε τρία τέσσερα χρόνια δημιούργησε τα πρώτα χειροκίνητα ελαιοτριβεία. Στο μεταξύ, έχτισε μια εκκλησιά και ένα δημοτικό σχολείο, χωρίς βέβαια να ξεχάση και τα διάφορα κοινωφελή έργα.
    Γύρω στα 1767 η μικρή αυτή πολιτεία των Κυδωνιών αναπτύχθηκε σε τέτοιο σημείο, που άρχισε να τραβάη το ενδιαφέρον των νησιωτών Ελλήνων της περιοχής του Αρχιπελάγους, με αποτέλεσμα να εγκατασταθούν σ’ αυτήν πολλοί, με την έγκριση βέβαια της Κοινότητας. Έτσι αναπτύχτηκε αρκετά σοβαρή βιομηχανική και εμπορική κίνηση, που μαζί με τη βιοτεχνία και χειροτεχνία έφεραν αρκετά έσοδα στον τόπο, προς μεγάλη ικανοποίηση του παπα-Οικονόμου, του οποίου η δραστηριότητα μεγάλωνε συνεχώς.
    Μια και πλήθαιναν οι χριστιανοί κάτοικοι, έχτισε και άλλες εκκλησίες. Στον περίβολο της πρώτης, της Παναγίας των Ορφανών, όπως την έλεγαν, χτίστηκε και το Σχολειό των Ορφανών, συνεχώς προαγόμενο, από δημοτικό, σε σχολαρχείο και τέλος σε γυμνάσιο. Αργότερα τα σχολειά αυτά από μικτά μετατράπηκαν σε ισάριθμα αρρένων και θηλέων.
    Απ’ αυτό το εκπαιδευτικό συγκρότημα ξεπετάχτηκε αργότερα η Ακαδημία των Κυδωνιών, δεύτερη μετά την Ακαδημία της Πάτμου, ανώτερο εκπαιδευτικό ίδρυμα πανευρωπαϊκής τότε φήμης.
    «Την εποχή αυτή», όπως γράφει ο λόγιος Επαμ. Σταματιάδης, «η Ελλάς εκοιμάτο τον βαρύ ύπνο της δουλείας, και της απαιδευσίας η σκοτία εκάλυπτεν αυτήν. Η Πάτμος πρώτον και αι Κυδωνίαι οψιαίτερον, κατέστησαν ένδοξον των Μουσών ενδιαίτημα, και διά των εκπαιδευτηρίων των ήρδευσαν τοις νάμασι της σοφίας την εκχερσωθείσαν γην της Ελλάδος». Και παρά κάτω: «Δύο τινάς και πολυτίμους υπηρεσίας προσήνεγκεν εις το Έθνος η πόλις των Κυδωνιών. Την του πνεύματος, όπερ υπήρξεν ο πρόδρομος της Εθνικής Εξεγέρσεως, και του αίματος, όπερ επεσφράγισεν αυτήν».
    Έτσι λοιπόν αι Κυδωνίαι, ως πρωτεύουσα της Αιολίδος γης, επισημάνθηκαν από τη Φιλική Εταιρεία, «ως ορμητήριον ικανού αριθμού λογίων, προς υπόθαλψιν του ζωογόνου της ελευθερίας αισθήματος», για την εξέγερση που όσο πήγαινε και πλησίαζε.
     Στο αναμεταξύ τόσο η Κοινότητα, όσο και κάθε κάτοικος χωριστά, συνεισέφεραν χωρίς τσιγκουνιά μεγάλα χρηματικά ποσά για την προετοιμασία του μεγάλου απελευθερωτικού αγώνα.
     Βέβαια οι γύρω από την πόλη Τούρκοι χωριάτες παρακολουθούσαν με ζήλεια την πρόοδο των γκιαούρηδων (όπως λένε πάντα τους Έλληνες) γειτόνων τους, χωρίς να παύσουν να σημειώνουν κάθε πληροφορία για τις μυστικές τους κινήσεις και τους εράνους.