Στις 25 Μαρτίου 1821 κηρύχτηκε η ελληνική Επανάσταση στην Αγία Λαύρα. Ύστερα από πενήντα μέρες, έξω απ’ το λιμάνι των Κυδωνιών κόβει βόλτες ο Τομπάζης με τρία τέσσερα πολεμικά της εποχής εκείνης και δίδεται αφορμή στους Τούρκους να πιστεύσουν πως οι πάνοπλοι, όπως πληροφορούνταν, Αϊβαλιώτες θα επαναστατούσαν γρήγορα, με τη βοήθεια των ελληνικών πολεμικών πλοίων. Στις δύο Ιουνίου, δηλαδή 68 μέρες ύστερα από την κήρυξη της Επαναστάσεως στην Αγία Λαύρα, κινούνται προς την πόλη εφτακόσιοι Τούρκοι καβαλάρηδες και τρεις χιλιάδες πεζοί γενίτσαροι. Δυστυχώς δεν ζούσε ο παπα-Οικονόμου. Αυτός θα ’βρισκε τρόπο να ματαιώση τα τούρκικα σχέδια. Θα μπορούσε να επιτύχη την διάσωση τουλάχιστον σαράντα χιλιάδων ψυχών, με ό,τι μπορούσαν να πάρουν μαζί τους. Αντί έστω και μιας δήθεν υποδοχής των ενόπλων δυνάμεων του Πατισάχ, πέτυχαν οι προύχοντες την απόφαση του επικεφαλής Τούρκου αξιωματούχου να κατασκηνώση στον κάμπο του Γενιτσαροχωριού. Οι φανατισμένοι τοπάρχες της περιοχής άλλο που δεν ήθελαν. Παρουσίασαν στους Τούρκους τους Αϊβαλιώτες πάνοπλους, έτοιμους από στιγμή σε στιγμή να συνεργαστούν με την ελληνική ναυτική μοίρα, που έξω απ’ το λιμάνι είχε αιχμαλωτίσει δυο τούρκικα πλοία με επιστράτους, που κατέβαιναν στην Πελοπόννησο, για να ενισχύσουν τους μαχόμενους κατά των επαναστατών Τούρκους.
    Έτσι άρχισε η επίθεση από διάφορα σημεία της πόλης, οι απαγωγές, οι σκοτωμοί και το πλιάτσικο. Στο μεταξύ καταφεύγουν στο Μοσχονήσι γέροι και γυναικόπαιδα, και αποβιβάζονται σε καράβια του Τομπάζη και σε πολλά μυτιληνιά που έσπευσαν να βοηθήσουν.
    Ο Τομπάζης με τα καράβια του βοήθησε τους αμυνόμενους Αϊβαλιώτες, που κρατούσαν τις θέσεις τους με μεγάλη αυτοθυσία και όσο μπορούσαν, γιατί τα κύματα των Τούρκων διαδέχονταν το ένα το άλλο. Ο χρόνος που κέρδιζαν οι αμυνόμενοι ήταν χρήσιμος για να ολοκληρωθή η φυγή του άμαχου πληθυσμού. Δυο μερόνυχτα βάσταξε το μακελειό και τέλειωσε με τη φωτιά, που έβαλαν οι Τούρκοι απ’ όλες τις μεριές. Το αποτέλεσμα ήταν να χαθή μέσα σε σαράντα οχτώ ώρες ό,τι δημιούργησαν οι Κυδωνιάτες σε εξήντα χρόνια. Καταστράφηκαν οι εκκλησιές, τα σχολειά, η Ακαδημία, η βιβλιοθήκη, το τυπογραφείο. Το αίμα, όπως μου ’λεγε ο παππούς μου, έτρεχε απ’ τον περίβολο της εκκλησιάς του Αγίου Δημητρίου, μέχρι τον φαρδύ δρόμο, σαν να ’ταν ποταμάκι.
    Οι Κυδωνίες, ο φάρος της ελληνικής παιδείας, ισοπεδώθηκε και έμεινε κοιμητήριο με άταφους τους νεκρούς του.
    Δυστυχώς οι σημερινοί ελεύθεροι νεοέλληνες που καταπιάνονται σε εορτές εις μνήμην ηρώων του μεγάλου υπέρ της ελευθερίας αγώνος, δεν ξέρω πώς τα καταφέρνουν να θυμούνται ολοκαυτώματα και ηρωισμούς που συνέβησαν μόνο στην απελευθερωθείσα Ελλάδα και να λησμονούν ότι, αν έγινε το θαύμα αυτό, έγινε γιατί εκτός από τους κυρίως Ελλαδίτες θυσιάστηκαν για τον ίδιο σκοπό και οι Έλληνες των αλυτρώτων ακόμη περιοχών.